Для большинства техник в ниндзюцу требуется использование внутренней энергии - чакры. Есть два источника чакры: первый - внутренняя энергия миллиардов клеток тела, второй - ментальная и физическая энергия, накапливаемая в результате ментальных и физических тренировок. Также увеличивается благодаря преодолению сложных жизненных ситуаций. Для того чтобы применить технику, ниндзя должен уметь контролировать и высвобождать эти два вида энергии. Количество чакры, которое поглощает техника зависит от ее сложности и мастерства самого ниндзя. Чем опытнее ниндзя, тем меньшее количество энергии он тратит на одно и то же дзюцу. В тайцзюцу (рукопашном бою) нет необходимости использовать чакру - так как большая часть атак основывается на физических возможностях тела шиноби. В ниндзюцу затраты энергии зависят от способности исполнителя к контролю над своей чакрой. У ниндзя с совершенным контролем вся энергия будет использоваться по прямому назначению. Новички же тратят неоправданно много чакры даже на простые дзюцу.